Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Araştırma Görevlisi Kevser Kübra Kırboğa, dünyanın en saygın bilimsel yayın organları arasında yer alan ve Q1 kategorisinde bulunan Progress in Biophysics and Molecular Biology (2026) dergisinde yayımlanan “Energy-driven innovations in computational de novo protein engineering” başlıklı çalışması ile önemli bir akademik başarıya imza attı.
Gerçekleştirilen çalışmada, de novo protein tasarımında kullanılan enerji modellerinin kapsamlı bir şekilde incelenmesi ve farklı hesaplamalı platformların sistematik olarak karşılaştırılmasının amaçlandığı belirtildi.
Geleneksel protein mühendisliğinin, doğadaki proteinlerin dizilimlerinde sınırlı değişiklikler yaparken, de novo protein tasarımının, herhangi bir doğal şablona dayanmaksızın sıfırdan özgün yapılar oluşturmayı hedeflediği belirtildi. De novo tasarım yaklaşımının, hedefe özgü terapötik proteinler, sentetik immünoterapi bağlayıcıları, ekstrem koşullara dayanıklı enzimler ve programlanabilir biyomalzemeler gibi geniş bir uygulama alanı sunduğu kaydedildi.
Ancak sıfırdan tasarlanan bir proteinin doğru katlanacağını ve hedef işlevi yerine getireceğini önceden doğrulamanın ciddi bir zorluk olduğu aktarıldı. Bu noktada enerji modelleri devreye girerek van der Waals kuvvetleri, elektrostatik etkileşimler ve hidrojen bağları gibi atomlar arası etkileşimleri matematiksel olarak hesapladığı; proteinin enerji yüzeyini haritalar ve termodinamik olarak en kararlı yapıyı belirlediği açıklandı.
Çalışmanın öne çıkan bulgularından birinin de, AlphaFold gibi yapay zekâ modellerinin tek başına yeterli olmadığı olarak belirtildi. Bu modellerin yapı tahmininde güçlü olsalar da dinamik konformasyonel değişimlerde, nokta mutasyonların etkilerinin öngörülmesinde ve düşük benzerlikli protein ailelerinde ciddi performans kayıpları yaşayabilmekte olduğu vurgulandı. Dolayısıyla en güvenilir sonuçların, yapay zekânın hesaplama hızı ile fizik tabanlı yöntemlerin mekanistik desteğini birleştiren hibrit yaklaşımlarla elde edildiği aktarıldı.
Bu önemli çalışmanın, üniversitenin bilimsel üretimi teşvik eden dinamik yapısının ve araştırmacılarına sunduğu geniş imkânların somut bir yansıması olduğu belirtildi.
